.. _gromacs:


How to start an MD simulation
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Edit the README provided by CHARMM-GUI 

Monitoring the progress
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

 - to check the progress
     ```
     gmx check -f step6.6_equilibration.xtc
     ```
     
 - to extract the trajectory as a PDB file:
     ```
     gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o traj_fixed.pdb -pbc mol -center
     ```
   `
   -sep` nagrywa każdą klatkę w odrębnym pliku `.pdb`